Die paarigen Nieren liegen dem Becken und der verwachsenen Wirbelsäule (Synsacrum) bauchseitig an. Da die Nerven, welche die Füße versorgen, zwischen Synsacrum und Niere verlaufen, treten häufig Ständerlähmungen (verringerter bis nicht vorhandener Greifreflex) bei allen Grunderkrankungen auf, die mit einer Vergrößerung der Niere einhergehen (Druck auf die Nerven). Harnblase sowie Harnröhre fehlen bei Vögeln. Der Harn wird über den Harnleiter direkt in die Kloake geleitet. Erkrankungen der Nieren treten häufig im Zusammenhang mit systemischen Allgemeininfektionen auf.
Entzündliche Veränderungen der Nieren (Nephritis, Glomerulonephritis, Nephrose) sind häufige Begleiterkrankungen im Zuge von Allgemeininfektionen. Eine Behandlung erfolgt im Zusammenhang mit der allgemeinen Diagnose und dem nachgewiesenen Erreger. Es wird ein gut nierengängiges Antibiotikum nach Antibiogramm eingesetzt und die Stoffwechseltätigkeit der Niere zusätzlich unterstützt.
Bei der Gicht kommt es zur Kristallbildung der Harnsäure infolge infektiös und nichtinfektiös bedingter Nierenschäden mit erhöhten Blutharnsäurespiegeln. Begünstigend sind insbesondere hohe Eiweißanteile im Futter, Vitamin A‑Mangel und sehr hohe Kalziumgaben. Bei Gelenkgicht zeigen die Tiere ein gestörtes Allgemeinbefinden, Bewegungsstörungen, Bewegungsunlust, Entlasten der Füße usw. Bei der Eingeweidegicht (Viszeralgicht) befinden sich die Harnsäureablagerungen (Uratablagerungen) im Inneren des Körpers, sodass eine Diagnose oft erst nach dem Tode des Vogels gestellt werden kann. Da sich eine Gicht auch bei sterbenskranken Vögeln aufgrund der veränderten Stoffwechsellage und verminderter Wasseraufnahme entwickeln kann, wird Gicht bei Sektionen oft registriert. Eine Behandlung der Gicht ist langwierig und oft kann eine vollständige Heilung nicht mehr erreicht werden. Die Vorbeuge besteht in einer ausgewogenen Fütterung und ausreichender Trinkwasserzufuhr. Dem Trinkwasser können Präparate zugesetzt werden, die den Nierenstoffwechsel positiv beeinflussen und die Trinkwasseraufnahme anregen. Damit soll erreicht werden, dass sich die Gichtknoten langsam auflösen bzw. zumindest nicht mehr größer werden.
Nierentumoren stellen bei älteren Wellensittichen die häufigsten Nierenerkrankungen dar, während sie bei anderen Vogelarten eine geringe Rolle spielen. Es kommt zu deutlich gestörtem Allgemeinbefinden, Appetitlosigkeit, Erbrechen, vermehrter oder verminderter Wasseraufnahme und damit verbundenem abweichendem Harnabsatz. Der raumfordernde Prozess kann im fortgeschrittenen Stadium durch Druck auf Nervengeflechte bzw. auf die Bauchluftsäcke zu Lähmungen und Atemnot führen. Eine erfolgversprechende Behandlung der Erkrankung ist nicht möglich.